Quando se tratam de descobertas como essas, e dependendo da altura em que foram feitas (ver, por exemplo, o que escrevemos sobre a Gruta da Moeda, em Fátima:
https://www.mitologia.pt/a-lenda-da-gruta-da-moeda-309127 ), tendem a surgir mitos e lendas que explicam a sua origem. Alguns deles são interessantes, outros nem tanto, mas nascem de uma tentativa de explicar a realidade...
Bem, mas para tentar responder à pergunta, sabemos que se tratam de grutas feitas pela mão humana, e era comum que os falecidos fossem como que sepultados em locais como esses. Quando isso acontecia, eles tendiam a ser sepultados com um conjunto de elementos, como hoje as pessoas são enterradas vestidas, num caixão em que é frequentemente apresentada a cruz de Cristo, etc. Assim sendo, para se averiguar se elas são "sepulcros neolíticos", não basta que exista um qualquer espólio encontrado no local, mas sim que o seu conteúdo seja consistente com o que foi encontrado em outros locais semelhantes. Para fazer uma comparação com os dias de hoje, se fossem encontrados restos de madeira, sapatos, um esqueleto, uma cruz, etc, poderia presumir-se que uma pessoa foi enterrada no local. De igual forma, esses sepulcros antigos, a serem-no verdadeiramente, terão tido no seu interior alguma espécie de elementos de culto de outros tempos, e poderão ser identificados com recurso a eles.
Para dar um exemplo, na Gruta de Porto Côvo, em Sintra, foram um dia encontrados "artefactos de pedra lascada, três recipientes cerâmicos não decorados, uma ponta de projéctil de metal, ossos de animais e conchas", bem como vários esqueletos enterrados no local. Se na Quinta do Anjo foram encontradas coisas semelhantes (e confesse-se que não sabemos o que foi achado por lá), é provável que também esse local fosse utilizado como necrópole.
